Během obou volebních dnů bylo vyhlášeno mimořádné bezpečnostní opatření, které začalo půlhodinu před otevřením volebních místností pro voliče, tedy v pátek 26. ledna 2018 ve 13.30 hodin, a skončilo v sobotu v pozdních odpoledních hodinách.
„Hlídky zlínských strážníků za oba dny uskutečnily 794 kontrol bezprostředního i širšího okolí volebních místností, na nichž se podílelo 30 strážníků. Dohled byl zaměřen především na dodržování veřejného pořádku a nebyly při něm zaznamenány žádné závažnější problémy, které by mohly narušit řádný průběh voleb,“ podotkl Janík.
Obdobně jako v 1. kole volby prezidenta republiky řešili strážníci s předsedy jednotlivých okrskových volebních komisí pouze drobné nedostatky. Ty se týkaly správného vyvěšení státní vlajky a v jednom případě umístění propagačního letáku jednoho z kandidátů v objektu, v němž se nacházela volební místnost.
