Kubišová pěveckou kariéru zahájila s taneční kapelou, kterou sestavili muzikanti z lázeňského promenádního orchestru Poděbrady, a v Nymburce zpívala při odpoledních čajích.
V roce 1961 se dostala v soutěži Hledáme nové talenty až do finále. V září 1964 zamířila do pražského divadla Rokoko, kde navázala spolupráci s Václavem Neckářem a Helenou Vondráčkovou. O tři roky později vyhrála poprvé populární soutěž Zlatý slavík.
Její píseň Modlitba pro Martu se stala při okupaci Československa vojsky Varšavské smlouvy v srpnu 1968 symbolem národního odporu. Hudbu složil Jindřich Brabec, text písně napsal Petr Rada. Modlitba pro Martu byla vydána celkem ve čtyřech verzích a později v dobách normalizace bylo zcela zakázáno její vysílání v rozhlase a v televizi. Původně byla určena pro pořad Písně pro Rudolfa II., vznikla ještě před vpádem okupačních vojsk.
V listopadu 1968 vzniklo populární trio Golden Kids, ve kterém spojila Marta Kubišová své pěvecké umění s Helenou Vondráčkovou a Václavem Neckářem.
V roce 1969 vyhrála svého druhého Slavíka, o rok si připsala třetí vítězství, cenu však musela kvůli začínající normalizaci převzít v ústraní redakce časopisu Mladý svět.
Veřejné postoje zpěvačky i symbolika Modlitby pro Martu se podepsaly pod zánik Golden Kids, od února 1970 pak komunistický režim Kubišové zakázal uměleckou činnost. Podpisem Charty 77 se její stíhání a sledování StB ještě stupňovalo, v letech 1977 a 1978 působila jako mluvčí Charty 77.
Do veřejného povědomí se zpěvačka vrátila 21.listopadu 1989 při sametové revoluci, kdy zazpívala stotisícovému davu na Václavského náměstí právě Modlitbu pro Martu a také československou státní hymnu. Následovala reedice alba Songy a balady a už v roce 1990 studiové nahrávky a samostatné koncerty.
Dne 28. října 1995 obdržela populární zpěvačka od prezidenta Václava Havla státní vyznamenání Medaili za zásluhy II. stupně.
Již několik let je její domovskou scénou pražské Divadlo Ungelt, kde pravidelně připravuje své recitály. Zatím poslední recitál v Ungeltu se jmenuje S nebývalou ochotou… a premiéru měl v dubnu 2010. V roce 2010 vyšlo díky Supraphonu také 3CD Vyznání (Zlatá kolekce).
Koncert Marty Kubišové, kterou doprovodí skupina Petra Maláska, začne v zámeckém amfiteátru v Buchlovicích v pátek 10. srpna ve 20. hodin. Pořadatelé upozorňují, že hlediště bude upraveno pouze k sezení.
